Stworzenie referencyjnego modelu Diagnostyki Personalizowanej Guzów Nowotworowych w oparciu o analizę heterogenności guza z wykorzystaniem biomarkerów genomowych, transkryptomu i metabolomu oraz badań obrazowych PET/MRI jako narzędzia do wdrażania i monitorowania terapii zindywidualizowanej, akronim: MOBIT

Głównym celem projektu MOBIT było stworzenie nowatorskiego modelu diagnostyki personalizowanej guzów nowotworowych w oparciu o innowacyjny system biobankowania materiału biologicznego oraz wielkoskalowe analizy omiczne pacjentów z najczęstszymi nowotworami złośliwymi. Na przykładzie pacjentów z rakiem płuc została przeprowadzona zintegrowana analiza biomarkerów genomowych, transkryptomu, proteomu i metabolomu oraz obrazowych badań molekularnych jako narzędzi do wdrażania i monitorowania terapii indywidualizowanej. Konsorcjum do realizacji projektu powołało zespoły ekspercie oraz wykorzystało know-how w zakresie innowacyjnego systemu biobankowania, wysokowydajnych metod molekularnych, integracji i analizy danych wielkoskalowych. Rezultatem fazy rozwojowej projektu jest opracowany referencyjny model diagnostyki personalizowanej guzów nowotworowych oraz stworzone komercyjnej usługi ONCOSup- platformy diagnostycznej oraz usługi SmartBioBase – unikalne oprogramowania dla platformy gromadzenia, integracji i analizy danych omicznych i klinicznych w celu wykorzystania do wdrażania terapii indywidualizowanej.

W toku realizacji projektu MOBIT utworzono unikatowy Biobank, służący do gromadzenia i zabezpieczania materiału biologicznego zgodnie ze ściśle określonymi rygorystycznymi Standardowymi Procedurami Operacyjnymi. Zintegrowany system zarządzania jakością Biobanku zapewnia najwyższą jakość oraz powtarzalność gromadzonego materiału. Zdeponowany w Biobanku materiał biologiczny był podstawą do przeprowadzenia wielkoskalowych analiz genomicznych, transkryptomicznych, proteomicznych oraz metabolomicznych.  Biobank pracuje w oparciu o elektroniczną bazę danych zintegrowaną z platformą SmartBioBase.

System informatyczny SmartBioBase jest jednym z kluczowych produktów projektu, umożliwiający gromadzenie, przetwarzanie i wnioskowanie z heterogenicznych danych klinicznych, obrazowych i omicznych (genomicznych, metabolomicznych, transkryptomicznych, proteomicznych, metylacji RRBS oraz microRNA).

W ramach komercjalizacji wyników projektu przygotowano i zatwierdzono dwa produkty usługi ONCOSup: ONCOSup Diagnostyka oraz ONCOSup Analityka. Produkt ONCOSup Diagnostyka został podzielony na dwie platformy diagnostyczne, w tym: ONCOSup Diagnostyka NGS oraz ONCOSup Diagnostyka microRNA.

ONCOSup Diagnostyka NGS  jest komercjalizowana w dwóch usługach:

1: NGS_Lung_Cancer_DNA – usługa ukierunkowana  na wykrywanie mutacji na poziomie DNA (w skład panelu wchodzi badanie 31 genów: AKT1, ALK, BRAF, CCND1, CTNNB1, DDR2, EGFR, EIF1AX, ERBB2 (HER2), FGFR1, FGFR2, FGFR3, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MDM2, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RET, ROS1, STK11, TERT, TP53, TSHR.).

2: NGS_Lung_Cancer_RNA – usługa ukierunkowana na wykrywanie mutacji na poziomie RNA (panel 14 genów: ALK, BRAF, EGFR, FGFR1, FGFR2, FGFR3, KRAS, MET, NGR1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, RET, ROS1). Obie te usługi bazują na indywidualnie dostosowanej technologii sekwencjonowania następnej generacji (NGS), która na potrzeby usługi została odpowiednio zoptymalizowana i scertyfikowana (europejskie certyfikaty jakości GenQA oraz ESP: technologiczne i analityczne).

Usługa ONCOSup Diagnostyka microRNA jest komercjalizowana jako sygnatura miRNA różnicująca podtypy histologiczne niedrobnokomórkowego raka płuca.

Drugi produkt ONCOSup – ONCOSup Analityka Prototyp- microRNA obejmuje dwie diagnostyczne sygnatury miRNA opracowane do zastosowania w badaniach naukowych i badań przedklinicznych w formule „use for research and pre-clinical study only”.

Ponadto opracowano i wdrożono OnkoPaszport jako dokument opisujący spersonalizowaną genomiczną charakterystykę pacjenta, pozwalającą na dobór terapii indywidualnej, zgodny z obecnymi i przyszłymi rekomendacjami leczenia raka płuca. W trakcie komercjalizacji jest również pełnowartościowy produkt w postaci platformy SmartBioBase.

1. Whole genome sequencing puts forward hypotheses on metastasis evolution and therapy in colorectal cancer, Naveed Ishaque, Mohammed L. Abba, Christine Hauser, Nitin Patil, Nagarajan Paramasivam, Daniel Huebschmann , Jörg Hendrik Leupold, Gnana Prakash Balasubramanian, Kortine Kleinheinz, Umut H. Toprak, Barbara Hutter , Axel Benner, Anna Shavinskaya, Chan Zhou, Zuguang Gu, Jules Kerssemakers , Alexander Marx, Marcin Moniuszko, Miroslaw Kozlowski, Joanna Reszec, Jacek Niklinski, Jürgen Eils, Matthias Schlesner, Roland Eils, Benedikt Brors & Heike Allgayer, Nature Communications, (2018) 9:4782, DOI: 10.1038/s41467-018-07041, Q1;
   https://www.nature.com/articles/s41467-018-07041-z
2. Ciereszko A, Dietrich MA, Słowińska M, Nynca J, Ciborowski M, Kisluk J, Michalska-Falkowska A, Reszec J, Sierko E, Nikliński J. Identification of protein changes in the blood plasma of lung cancer patients subjected to chemotherapy using a 2D-DIGE approach. PLoS One. 2019 Oct 17;14(10):e0223840. Q1 w momencie składania do publikacji;
   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6797170/

3. Niemira M, Collin F, Szalkowska A, Bielska A, Chwialkowska K, Reszec J, Niklinski J, Kwasniewski M, Kretowski A: Molecular Signature of Subtypes of Non-Small-Cell Lung Cancer by Large-Scale Transcriptional Profiling: Identification of Key Modules and Genes by Weighted Gene Co-Expression Network Analysis (WGCNA). Cancers (Basel). 2019 Dec 21;12(1). pii: E37. doi: 10.3390/cancers12010037. Q1;
    https://www.mdpi.com/2072-6694/12/1/37
4. Jacek Niklinski, Adam Kretowski, Marcin Moniuszko, Joanna Reszec, Anna Michalska-Falkowska, Magdalena Niemira, Michal Ciborowski, Radoslaw Charkiewicz, Dorota Jurgilewicz, Miroslaw Kozlowski, Rodryg Ramlau, Cezary Piwkowski, Miroslaw Kwasniewski, Monika Kaczmarek, Andrzej Ciereszko, Tomasz Wasniewski, Robert Mroz, Wojciech Naumnik, Ewa Sierko, Magdalena Paczkowska, Joanna Kisluk, Anetta Sulewska, Adam Cybulski, Zenon Mariak, Boguslaw Kedra, Jacek Szamatowicz, Paweł Kurzawa, Lukasz Minarowski, Angelika Edyta Charkiewicz, Barbara Mroczko, Jolanta Malyszko, Christian Manegold, Lothar Pilz, Heike Allgayer, Mohammed L. Abba, Hartmut Juhl, Frauke Koch, the MOBIT Study Group „Systematic biobanking, novel imaging techniques, and advanced molecular analysis for precise tumor diagnosis and therapy: The Polish MOBIT project”, Advances in Medical Sciences, 2017, 62, 405–413;
   https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S189611261730041X?via%3Dihub
5. Ciborowski M, Kiśluk J, Pietrowska K, Samczuk P, Parfieniuk E, Kowalczyk T, Kozłowski M, Krętowski A, Nikliński J. Development of LC-QTOF-MS method for human lung tissue fingerprinting. A preliminary application to nonsmall cell lung cancer. Electrophoresis (2017) 38, 18: 2304-2312;
    https://analyticalsciencejournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/elps.201700022 

6. Kowalczyk T, Ciborowski M, Kisluk J, Kretowski A, Barbas C. Mass spectrometry based proteomics and metabolomics in personalized oncology. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2020 Jan 18:165690, doi: 10.1016/j.bbadis.2020.165690. [Epub ahead of print], Q1
   https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0925443920300296
7. Magdalena Niemira, Francois Collin, Anna Szalkowska, Agnieszka Bielska, Karolina Chwialkowska, Joanna Reszec, Jacek Niklinski, Miroslaw Kwasniewski, Adam Kretowski Molecular Signature of Subtypes of Non-Small-Cell Lung Cancer by Large-Scale Transcriptional Profiling: Identification of Key Modules and Genes by Weighted Gene Co-Expression Network Analysis (WGCNA) Cancers 2020, 12, 37; doi:10.3390/cancers12010037
   https://www.mdpi.com/2072-6694/12/1/37
8. Tomasz Kowalczyk, Joanna Kisluk, Karolina Pietrowska, Joanna Godzien, Miroslaw Kozlowski, Joanna Reszeć, Ewa Sierko, Wojciech Naumnik, Robert Mróz, Marcin Moniuszko, Adam Kretowski, Jacek Niklinski and Michal Ciborowski The Ability of Metabolomics to Discriminate Non-Small-Cell Lung Cancer Subtypes Depends on the Stage of the Disease and the Type of Material Studied, Cancers 2021, 13, 3314.
   https://doi.org/10.3390/cancers13133314
   https://www.mdpi.com/2072-6694/13/13/3314

9. Daniel Reska, Marcin Czajkowski, Krzysztof Jurczuk, Cezary Boldak, Wojciech Kwedlo, Witold Bauer, Jolanta Koszelew, Marek Kretowski Integration of solutions and services for multi-omics data analysis towards personalized medicine; Biocybernetics and Biomedical Engineering 41 (2021) 1646– 1663,
   https://doi.org/10.1016/j.bbe.2021.10.005
   https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0208521621001248?via%3Dihub

1. PT-081 „Biomarkery miRNA do diagnozowania różnicowego podtypów histopatologicznych niedrobnokomórkowego raka płuca” („MiRNA biomarkers for the differential diagnosis of histopathological sub-types of non small cell lung cancer”).

Zgłoszenie patentowe w Urzędzie Patentowym RP (UPRP), oznaczone numerem P.432011, jest obecnie w toku. 31.05.2021 w Biuletynie Urzędu Patentowego została opublikowana informacja o zgłoszeniu ww. patentu do UPRP.

https://api-ewyszukiwarka.pue.uprp.gov.pl/api/collection/7041d7ab7c758e22bb830a8650f34a33#search=432011

Na takim samym etapie jest obecnie międzynarodowe zgłoszenie patentowe, oznaczone numerem PCT/PL2019/000113. Światowa Organizacja Własności Intelektualnej opublikowała informację o zgłoszeniu międzynarodowym 03.06.2021 (numer publikacji: WO/2021/107791).

https://patentscope.wipo.int/search/en/detail.jsf?docId=WO2021107791&_fid=PL329200596

2. PT- 082 „Sposób oceny skuteczności leczenia chemioterapeutycznego raka płuca, panel biomarkerów metabolicznych i zestaw do monitorowania skuteczności leczenia chemioterapeutycznego raka płuca” („Method for the evaluation of the effectiveness of chemotherapeutic treatment of lung cancer, panel of metabolic biomarkers and set for monitoring the effectiveness of chemiotherapeutic treatment of lung cancer”).

Zgłoszenie patentowe w Urzędzie Patentowym RP (UPRP), oznaczone numerem P. 432015, jest obecnie w toku. 31.05.2021 w Biuletynie Urzędu Patentowego została opublikowana informacja o zgłoszeniu ww. patentu do UPRP. https://ewyszukiwarka.pue.uprp.gov.pl/search/pwp-details/P.432015

Na takim samym etapie jest obecnie międzynarodowe zgłoszenie patentowe, oznaczone numerem PCT/PL2019/000114. Światowa Organizacja Własności Intelektualnej opublikowała informację o zgłoszeniu międzynarodowym 03.06.2021 (numer publikacji: WO 2021/107792). https://patentscope.wipo.int/search/en/detail.jsf?docId=WO2021107792&_cid=P22-KUXZY9-94181-1

1. Michalska-Falkowska Anna. The significance of systematic biobanking for reliable metabolomics research. 7th Scientific Conference of Polish Metabolomics Society „Metabolomics Circle”, Białystok, 11.04-06. Referat.
2. Ciborowski Michał. From biobanking to metabolomics analyses – evaluation of small molecules in different aspects of non-small cell lung cancer. III Krajowa Naukowo-Szkoleniowa Konferencja Biobanków Polskich „Badania populacyjne i omiczne a rozwój biobankowania materiału biologicznego” Łódź, 2019.11.06-08. Referat.
3. Michalska-Falkowska Anna. International cooperation between oncological Biobanks – three years experience. III Krajowa Naukowo-Szkoleniowa Konferencja Biobanków Polskich „Badania populacyjne i omiczne a rozwój biobankowania materiału biologicznego” Łódź, 2019.11.06-08. Plakat (wyróżnienie najlepszej prezentacji posterowej).
4. Reszeć Joanna. MOBIT project: The cooperation between biobank and hospitals as a key for biobanking development. II Krajowa Naukowo-Szkoleniowa Konferencja Biobanków Polskich Próbki, kolekcje, dane w biobankowaniu. Wrocław, 2018.10.11-12. Referat.
5. Niklinski Jacek. Systematic biobanking and advanced integrated ‘omics’ analysis for precise non-small cell lung cancer (NSCLC) diagnosis and therapy: the Polish MOBIT project, 22-24.11.2018, Seul, Korea Południowa, referat
6. Nikliński Jacek. Presentation of research project MOBIT – 10th Chinese-German Lung Cancer Forum, 6-7.07.2018, Vienna, Austria, wykład
7. Nikliński Jacek. MOBIT platforms supporting data integration, diagnostics and treatment of lung cancer: SmartBioBase and ONCOSup – 5th Symposium Lung Cancer: From diagnosis to Treatment, 28-30.09.2018, Thessaloniki, Greece, wykład
8. XI Konferencja Polskiej Grupy Raka Płuca, 16-18.11.2017, Warszawa, Polska, Sesja plenarna poświęcona współpracy w ramach projektu MOBIT, wykłady:

• • Nikliński Jacek – „Biobank onkologiczny i zintegrowana analiza omiczna”
  • Jurgilewicz Dorota – „Zintegrowane badania PET/MRI”
  • Kwaśniewski Mirosław – „Platforma informatyczna wspomagająca proces diagnostyczny (MOBIT Decision Support System)
  • Piwkowski Cezary – „Doświadczenia Kliniki Torakochirurgii UM w Poznaniu w realizacji projektu MOBIT”

9. Niklinski Jacek – „The MOBIT project” – Central European Lung Cancer Conference, 1-3.12.2017, Riga, Latvia. Referat.
10. Ciborowski Michał. Application of metabolomics approach to study various aspects of non-small cell lung cancer. Metabolomics Circle 2017 Bioanalytical and Omics Science (17-18.11.2017),  Wrocław. Referat.
11. Ciborowski Michał. From biobanking to large scale analysis a multiomics approach to decipher non-small cell lung cancer. 28th International Symposium on Pharmaceutical and Biomedical Analysis Conference (PBA 2017), Madrid, Hiszpania, 2017.07.02-05. Plakat.
12. Michalska-Falkowska Anna. A novel approach to the oncology biobank in the university setting. 9th European Regional Conference on Thoracic Oncology „New challenges in diagnosis and treatment”, Vilnius, Litwa, 2017.06.15-17. Referat.
13. Michalska-Falkowska Anna. Projekt MOBIT: Biobank Onkologiczny jako narzędzie do stworzenia modelu Diagnostyki Personalizowanej Guzów Nowotworowych. I Naukowo-Szkoleniowa Krajowa Konferencja Biobanków Polskich. Wrocław, 2017.10.13-14. Referat.
14. Nikliński Jacek. MOBIT Project – Introduction – Meeting: Delegation from Medical University of Bialystok – Siemens Healthineers, 2017.03.24, Erlangen, Germany. Wykład.
15. Niklinski Jacek. PET/MRI imaging as a tool for validation of microRNA potential in lung cancer monitoring – Meeting: Delegation from Medical University of Bialystok – Siemens Healthineers, 2017.03.24, Erlangen, Germany. Wykład.
16. Michalska-Falkowska Anna. Biobanking and omics analysis within the MOBIT Project: A novel approach to the oncology biobank integrated with omics analysis in the University setting – Meeting: Delegation from Medical University of Bialystok – Siemens Healthineers, 2017.03.24, Erlangen, Germany, wykład;
17. Jurgilewicz Dorota. The results of PET/MRI imaging performed within the MOBIT project in the patients with lung cancer – Meeting: Delegation from Medical University of Bialystok – Siemens Healthineers, March 24th, 2017, Erlangen, Germany, wykład;
18. Niklinski Jacek. Modern diagnostic and therapeutic platforms for the management of solid tumors: The MOBIT project – the 9^th Chinese-German Lung Cancer Forum, 31.08 – 02.09.2017, Shanghai, China, wykład
19. Niklinski J. – Systematic biobanking and advanced molecular analysis for precise NSCLC diagnosis and therapy The Polish MOBIT Project, the 4^th Symposium Lung Cancer: from Diagnosis to Treatment, 29-30.09.2017, Thessaloniki, Greece, wykład